Природонаучния музей в Пловдив е създаден на база на изключително богатата и разнообразна експозиция, с която е разполагал съществувалият до средата на 19 век френски колеж Св. Августин - Le college St. Augustin, Рhiliророl.

Цялостната експозиция на колежа се е намирала на третия му етаж (днес Ректората на ПУ „П. Хилендарски”) и е заемала площ около 500 м². Била изградена от 50 отдела, като 19 от тях са били в областта на естествените науки. Това са следните отдели: геология, петрография, кристалография, мрамори, минерали по атомическо тегло, остеология и палеонтология, анатомия, ботаника, зоология, ихтиология, орнито-логия, яйца и гнезда на птици, влечуги, раковидни, червеи, ентомология, пеперуди, зоофити, българска флора и фауна.

През 1894 г. за преподавател по естествени науки в колежа е назначен Огюстен Таверние (брат Борис), който може да бъде считан за създател на първата природонаучна сбирка в гр. Пловдив. Той е положил изключително големи усилия за оформяне и допълване на експозицията с интересни природни образци. През 1932 г. в Пловдивски общински вестник е отразено, че „...България е всестранно представена - в геоложко, географско, етнографско, историческо, стопанско отношение и този музей, подреден с голям художествен усет и несравнима педагогическа изисканост е златен извор на колежа за положителни знания.”